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xiang8 发表于 2018-8-5 08:15:56

python读取table文件

#!/usr/bin/env python　　
# -*- coding: ascii -*-
　　
import linecache
　　
import fileinput
　　
import sys
　　
from collections import defaultdict
　　
inputFile = sys.argv
　　
headerLine = linecache.getline(inputFile, 1).strip()
　　
#print(headerLine)
　　
Probenames = headerLine.split("\t")
　　
inputH = open(inputFile, "r")
　　

　　
d = defaultdict(list)
　　
for line in inputH:
　　
    if "Sample" not in line:
　　
      z = line.rstrip().split("\t")
　　
      for num, p_data in enumerate(z):
　　
            if p_data != "":
　　
                d].append(p_data)
　　
inputH.close()
　　
print("NameProbe\tdata")
　　
for p in d:
　　
    for x in d:
　　
      #print(x, d)
　　
      print("{0}\t{1}".format(p, x))

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